著作类：
1、《蔡元培评传》，百花洲文艺出版社1993年初版，2015年修订版。
2、《蔡元培与胡适——中国文化人与自由主义》，中国人民大学出版社2003年。
3、《今雨旧雨两相知——民国文化人史事钩沉》，百花文艺出版社2005年。
4、《旧时的大学与学人》，中国工人出版社2006年。
5、《蔡元培传》，百花文艺出版社2009年。
6、《民国学人的盛年与黄昏》，中国工人出版社2013年。
 

文章类：

1、《蔡元培与越缦堂日记》，《人民日报》（海外版）1988年3月25日。

2、《蔡元培与留法勤工俭学运动》，载北京大学编《论蔡元培》，旅游教育出版社1990年。

3、《近年来蔡元培研究评议》，《民国档案》1991年3期。

3、《蔡元培与汪精卫》，香港《大公报》1993年10月连载。

4、《梁启超与梁漱溟》，《新华文摘》1993年12期转载。

5、《胡适与周作人》，台湾《传记文学》第六十九卷第六期，1996年12月。

6、《关于蔡元培年谱长编》，《教育史研究》1998年4期。

7、《日本的周恩来研究》，日本《爱知论丛》1999年8月。

8、《论蔡元培与李石曾》，在《蔡元培研究论集》，北京大学出版社1999年5月。

9、《两代人的合作：蔡元培与胡适综论》，载《五四运动与二十世纪的中国》，社会科学文献出版社2001年5月。

10、《民国时期“教育独立”思潮评议》，《高等教育研究》2001年5期。

11、《越缦日记佚稿失而复得（关于李慈铭< 郇学斋日记>)》，《历史教学》2003年5月。

12、《王国维与北京大学关系始末》，中华书局《文史知识》2003年6期。

13、《张元济与康有为》，中华书局《文史知识》2004年6期。

14、《无奈的结局：张伯苓的最后五年》，《读书》2004年8月。

15、《罗振玉寓津杂记》，《历史教学》2004年9月。

16、《林琴南的遗老情结》，《历史教学》2005年3月。

17、《蔡元培辞离北大以后》，《书屋》2005年3月。

18、《1945年北京大学“易长风波”》，《书屋》2005年9月。

19、《南开校父严范孙》，《读书》2005年11月。

20、《所谓蔡元培“晚节不保”问题》，《书屋》2006年11月。

21、《高校教师分级过细影响教学科研效率》，《科学时报》2006年11月14日。

22、《论近代教育史上的严范孙》，载《东亚的教育改革与交流》，天津人民出版社2006年。

23、《高校教师管理：分级的公平与效率》，《江苏高教》2007年5月。

24、《论大学史上的罗家伦》，《经济社会史评论》第三辑，三联书店2007年5月。

25、《历史学家的浪漫——话说雷海宗》，《书屋》2007年6月。

26、《现场语境与怀旧意绪：我写< 旧时的大学与学人>》，《文汇报》2007年11月4日。

27、《蔡元培晚年若干史实辨析》，载《人世楷模蔡元培》，上海辞书出版社2007年12月。

28、《蔡元培、梁启超的“有限合作”》，《书屋》2008年8月。

29、《火爆与沉寂：谭熙鸿逸事》，《书屋》2008年12月。

30、《陈序经最后二十年的浮沉》，《同舟共进》2009年2月。

31、《学府春秋：黄钰生细说南开掌故》，《书屋》2009年4月。

32、《钱穆的“胡适情结”》，《读书》2009年8月。

33、《同途殊归的两位大学校长：蒋梦麟与梅贻琦》，《书屋》2009年8月。

34、《竺可桢日记里的大学秘史》，《读书》2009年11月。

35、《五四时期超党派合作现象评议》，《绍兴文理学院学报》2009年4期。

36、《关于蔡元培先生的学问》，载《蔡元培与现代中国》，北京大学出版社2010年1月。

37、《金毓黻日记所见民国学林遗事》，《书屋》2010年2月。

38、《大学应保持某种超然氛围》，《社会科学报》2010年8月19日。

39、《金毓黻在五十年代》，《书屋》2011年2月。

40、《“教授治校”在中国很稀缺》，《南方日报》2011年4月17日。

41、《一代良师洪煨莲》，《书屋》2011年6月。

42、《开风气之先者蔡元培》，《光明日报》2011年9月20日。

43、《陈序经的大学校长生涯》，《书屋》2011年12月。

44、《李庄亮色：战时延续中华文脉》，《书屋》2012年8月。

45、《房谋杜断：顾颉刚与钱宾四》，《书屋》2013年2月。

46、《清华国学研究院另议》，《书屋》2013年6月。

47、《大学人文生态的忧思》，《同舟共进》2013年8月。

48、《张伯苓的周围》（南开校长张伯苓与国民政府关系始末），《新华文摘》2014年7月（第13期）转载。

1、国家教育学科规划项目“民国时期大学观念形成与演变的动态考察”；

2、教育部人文社科项目“中国早期大学校长与教授群体互动关系研究”；

3、365国际速发平台创新基金项目“历史视野中的大学校长研究”

1、中国近代以来政治人物研究专题
2、中外高等教育史